Ustaw sobie aparat
Jak na aparat Nikona przystało, duże są możliwości przystosowania funkcjonowania aparatu do potrzeb użytkownika. Nie są one co prawda tak bogate, jak w D300, ale to nawet i lepiej – tam bogactwo dostępnych ustawień użytkownika potrafiło przyprawić o spory ból głowy. W D90 to nie grozi – "customów" jest znacznie mniej niż w D300, i całe szczęście. Mimo tego, lista ustawień użytkownika jest dłuższa niż w D80 o kilkanaście kilkanaście pozycji (47 wobec 32 ). Podobnie jak w innych nowych lustrzankach Nikona (D3/D300/D700) mają one nowy sposób organizacji, który przy ograniczonej liczbie pozycji sprawia się całkiem nieźle.

Menu Ustawienia osobiste zostało zorganizowane w podobny sposób, co modelach D3/D300/D700.

Podobnie jak w D80, do dyspozycji mamy jeden uniwersalny przycisk umiejscowiony obok obiektywu, i zakres jego funkcji jest zbliżony do znanego z D80. Przybyła tylko jedna, ale za to bardzo użyteczna funkcja, znana już z D700: +NEF. Po jej aktywacji wciśnięcie przycisku funkcyjnego powoduje tymczasowe włączenie zapisu zdjęć w formacie RAW.

Przyciskowi funkcyjnemu w D90 przypisać można wiele różnorodnych funkcji.

Zniknęła za to możliwość przypisania mu wyświetlania w wizjerze aktualnego ISO. Chociaż brak ten rekompensuje częściowo jeden z wariantów funkcji Łatwe ISO, to mimo wszystko szkoda. Możliwości konfiguracji przycisku AE-L/AF-L pozostały bez zmian i obejmują różne warianty blokady ekspozycji i autofokusa.
Podobnie jak w D300, zmienić można przypisanie przedniego i tylnego pokrętła do funkcji pokrętła głównego i pomocniczego, zmienić można również interpretację kierunku ich obrotu. Więcej pożytku jednak będzie z opcji zmiany orientacji linijki ekspozycji – domyślnie w aparatach Nikona ma ona + po lewej, a – po prawej stronie.

Działanie pokręteł sterujących można modyfikować w dużym zakresie.

Teraz można to dopasować do schematu stosowanego przez innych producentów, nie ma co ukrywać, bardziej intuicyjnego.
Ciekawą innowacją jest Łatwe ISO, funkcja użytkownika nr d3 działająca analogicznie do znanej od dawna Łatwej kompensacji ekspozycji, jednak w odniesieniu do czułości ISO matrycy. Pozwala ona na przypisanie zmiany ISO do pokrętła pomocniczego, co pozwala na szybką modyfikację czułości matrycy bez odrywania oka od wizjera. By to ułatwić, w wizjerze pojawia się aktualna wartość ISO, niestety zamiast licznika zdjęć (w ten sposób wprowadzono wyświetlanie ISO w wizjerze bez modyfikacji jego konstrukcji). Można również pozostawić samo wyświetlanie ISO w wizjerze. Ponieważ Łatwe ISO "konkuruje" z Łatwą kompensacją ekspozycji o to samo pokrętło pomocnicze, włączenie jednej z tych funkcji wyłącza automatycznie drugą (co jest sygnalizowane stosownym komunikatem).

Funkcja Łatwe ISO pozwala przypisać zmianę czułosci matrycy do pokrętła pomocniczego.

Łatwe ISO jest funkcją szalenie użyteczną, jednak korzystanie z niej wymaga pewnej wprawy: Jeśli jest włączona, kręcenie dowolnym z kółek powoduje zmianę ekspozycji (choć z różnych powodów), co w pierwszym momencie może wprowadzać zamieszanie, jeśli zapomnimy, które kółko w do czego w danym momencie służy (a funkcja pokrętła pomocniczego jest u Nikona "przechodnia"). Jeszcze więcej zamieszania będzie, jeśli równocześnie włączymy funkcję Auto ISO – będzie ona na bieżąco zmieniała wprowadzane przez nas pokrętłem ustawienia. Korzystanie tych dwóch funkcji równocześnie będzie zatem wymagało sporo wprawy i dyscypliny, inaczej trudno będzie zapanować nad automatyką aparatu.
D90 nie wyposażono w funkcję interwałometru, dodano za to możliwość wykonywania serii zdjęć z samowyzwalaczem. Możemy zadeklarować, ile zdjęć zostanie wykonanych, a częstotliwość ich rejestracji określona jest poprzez wolniejszy tryb zdjęć seryjnych CL, a więc w zakresie od 1 do 4 klatek na sekundę. Przydatna rzecz przy wykonywaniu zdjęć grupowych, gdy pierwsze, pozowane zdjęcie, jest zwykle najmniej udane.

W D90 samowyzwalacz może uruchamiać rejestrację serii do 9 zdjeć.

Tym, czego z profesjonalnych modeli Nikona D90 nie przejął, są banki ustawień – dotyczy to zarówno ustawień fotografowania, jak i funkcji użytkownika. Tym samym producent wyraźnie kieruje nowy aparat do użytkownika amatorskiego, i to nie z tych najbardziej wymagających. Zgoda, że im nie potrzeba aż trzech banków ustawień, ale jeden zestaw użytkownika byłby przydatny (nawet wspólny dla wszystkich ustawień).
Podobnie jak w profesjonalnych lustrzankach Nikona do dyspozycji mamy zarówno funkcję Moje menu, pozwalającą samodzielnie skomponować menu z wybranych pozycji jak i Ostatnie ustawienia, pokazująca ostatnio wykorzystywane funkcje. Szkoda jednak, że zabrakło znanej z D80 uproszczonej wersji menu Ustawienia użytkownika – dla mniej zaawansowanych posiadaczy D90 byłaby ona bardzo przydatna.

W D90 do dyspozycji mamy zarówno meny użytkownika, jak i menu komponowane z ostatnio używanych funkcji. Szkoda jednak, że zabrakło uproszczonej wersji Menu ustawień osobistych.